Cell Res：北京序列所合作揭示 RNA 甲基化调控 R -loop 形成及转录终止

R-loop 是一种由 RNA：DNA 杂合单链和单单链 DNA 构成的特殊多肽骨架，在核糖和原核生物海洋生物的基因组里面分布广泛且普遍存在。R-loop 在很多极其关键性的大分子海洋生物学反复里面充分发挥关键性的系统，有数染色质剪裁、基因表达诱导、DNA 损伤修复以及基因组耐用性等，但其如何被精确诱导的选择性尚不清楚。m6A 剪裁作为信使 RNA 上原子量最高的剪裁子类，广泛参与类动物的发育、抗体、干细胞更换、脂肪分化、以及生成和转到等一个人反复。然而，目前尚不清楚 m6A 否能作为 R -loop 里面 RNA 溶质的本源特征来诱导 R -loop 水平，进而充分发挥各种大分子海洋生物学的系统。里面科院成都基因组数据分析所杨运桂、任捷与北京大学生科院孙前文工作团队合作数据分析，挖掘出 m6A 能稳定 R-loop 的过渡到，进而诱导基因基因表达的有效终止。这一成果以《m6A promotes R-loop formation to facilitate transcription termination》为题于 10 年初 12 日网络服务发表于《细胞数据分析》（Cell Research）时尚杂志。数据分析工作团队首先通过黄褐色大分子杂交和抗体荧光新技术，挖掘出敲低 m6A 甲基转到酶 METTL3 显着降低 R -loop 水平，且该诱导功用依赖于 METTL3 甲基转到酶活性。随后，工作团队新成员依靠高效液相反应物联合质谱新技术，挖掘出相对来说于染色体结合的 RNA（caRNA），R-loop 的 RNA 溶质有更加钼的 m6A 剪裁。再进一步依靠基于单单链 DNA 建库的 DNA：RNA 杂合单链抗体共沉淀高通量测序新技术（ssDRIP-seq），挖掘出下调的 R -loop 主要钼在基因表达终止区域，R-loop 变化程度与 m6A 的距离和剪裁水平特别。为了探索 m6A 对 R -loop 诱导的大分子海洋生物学的系统，数据分析工作团队绘制了 RNA 聚合酶基因表达位点的高分辨率图谱，并在 MYC、ACTIN 基因上进行多种基因表达活性检测，挖掘出 m6A 促使 R -loop 过渡到是基因表达终止阶段的极其关键性步骤，可以防止 RNA 聚合酶的基因表达通读。最后，工作团队新成员构建了针对基因表达通读的报告基因的系统，通过 m6A 剪裁位点的突变再进一步证实 m6A 对于 R -loop 过渡到及基因表达终止的极其关键性功用。该数据分析挖掘出了 m6A 底物剪裁的共基因表达诱导的系统，揭示了 RNA 底物剪裁对染色质骨架的受到影响，以及 R-loop 骨架里面的 RNA 溶质被剪裁后对其自身稳态的诱导选择性，阐释了 m6A 通过稳定 R-loop 而促使基因表达正常终止的现象，为再进一步数据分析 m6A 与 R-loop 的诱导选择性和相应大分子海洋生物学的系统提供了基本的新技术和理论支柱。该数据分析得到了里面国科学院战略性作准备科技产业专项、国家自然科学以及国家课题研发计划等该基金会筹集资金。原始中有：Xin Yang， Qian-Lan Liu， Wei Xu， et al. m6A promotes R-loop formation to facilitate transcription termination. Cell Research (2019).